AT4G11840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.851 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phospholipase D gamma 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of C2-PLD subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phospholipase D gamma 3 (PLDGAMMA3); FUNCTIONS IN: phospholipase D activity; INVOLVED IN: phosphatidylcholine metabolic process, metabolic process; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), Phospholipase D (InterPro:IPR015679), Phospholipase D, plant (InterPro:IPR011402), Phospholipase D/Transphosphatidylase (InterPro:IPR001736), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phospholipase D gamma 2 (TAIR:AT4G11830.2); Has 2125 Blast hits to 1669 proteins in 399 species: Archae - 2; Bacteria - 519; Metazoa - 437; Fungi - 453; Plants - 551; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 163 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:7122152..7125882 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 97487.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 866 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAYHPVYNET MSMGGGSSNE FGQWLDKQLV PFDTSSGSLR VELLHGNLDI WVKEAKHLPN MDGFHNTLVG GMFFGLGRRN HKVDGENSSK ITSDPYVTVS 101: ISGAVIGRTF VISNSENPVW MQHFDVPVAH SAAKVHFVVK DSDIIGSQII GAVEIPTEQL CSGNRIEGLF PILNSRGKPC KQGAVLSLSI QYIPMERMRL 201: YQKGVGFGVE CVGVPGTYFP LRKGGRVTLY QDAHVDDGTL PSVHLDGGIQ YRHGKCWEDM ADAIRRARRL IYITGWSVFH PVRLVRRNND PTQGTLGELL 301: KVKSQEGVRV LVLVWDDPTS RSLLGFSTKG LMNTSDEETR RFFKHSSVQV LLCPRYGGKG HSFIKKSEVE TIYTHHQKTM IVDAEAAQNR RKIVAFVGGL 401: DLCNGRFDTP KHPLFRTLKT IHKDDFHNPN FVTTADDGPR EPWHDLHSKI DGPAAYDVLA NFEERWMKAS KPRGIGRLRT SSDDSLLRLD RIPDIMGLSE 501: ASSANDNDPE SWHVQVFRSI DSSSVKGFPK DPKEATGRNL LCGKNILIDM SIHAAYVKAI RSAQHFIYIE NQYFLGSSFN WDSNKNLGAN NLIPMEIALK 601: IANKIRAREK FAAYIVIPMW PEGAPTSNPI QRILYWQHKT MQMMYQTIYK ALVEVGLDGQ LEPQDFLNFF CLGTREVGTR EVPDGTVSVY NSPRKPPQLN 701: AAQVQALKSR RFMIYVHSKG MVVDDEFVLI GSANINQRSL EGTRDTEIAM GGYQPHHSWA KKGSRPRGQI FGYRMSLWAE HLGFLEQEFE EPENMECVRR 801: VRQLSELNWR QYAAEEVTEM PGHLLKYPVQ VDRTGKVSSL PGYETFPDLG GKIIGSFLVV EENLTI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)