AT4G04460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Saposin-like aspartyl protease family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Saposin-like aspartyl protease family protein; FUNCTIONS IN: aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Saposin-like (InterPro:IPR011001), Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Peptidase aspartic, catalytic (InterPro:IPR009007), Saposin-like type B, 1 (InterPro:IPR007856), Saposin-like type B, 2 (InterPro:IPR008138), Saposin B (InterPro:IPR008139), Peptidase A1 (InterPro:IPR001461), Peptidase aspartic, active site (InterPro:IPR001969); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aspartic proteinase A1 (TAIR:AT1G11910.1); Has 6789 Blast hits to 4881 proteins in 419 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 3731; Fungi - 1673; Plants - 537; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 840 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:2225232..2227746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55574.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 508 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGTRFQSFLL VFLLSCLILI STASCERNGD GTIRIGLKKR KLDRSNRLAS QLFLKNRGSH WSPKHYFRLN DENADMVPLK NYLDAQYYGD ITIGTPPQKF 101: TVIFDTGSSN LWIPSTKCYL SVACYFHSKY KASQSSSYRK NGKPASIRYG TGAISGYFSN DDVKVGDIVV KEQEFIEATS EPGITFLLAK FDGILGLGFK 201: EISVGNSTPV WYNMVEKGLV KEPIFSFWLN RNPKDPEGGE IVFGGVDPKH FKGEHTFVPV THKGYWQFDM GDLQIAGKPT GYCAKGCSAI ADSGTSLLTG 301: PSTVITMINH AIGAQGIVSR ECKAVVDQYG KTMLNSLLAQ EDPKKVCSQI GVCAYDGTQS VSMGIQSVVD DGTSGLLNQA MCSACEMAAV WMESELTQNQ 401: TQERILAYAA ELCDHIPTQN QQSAVDCGRV SSMPIVTFSI GGRSFDLTPQ DYIFKIGEGV ESQCTSGFTA MDIAPPRGPL WILGDIFMGP YHTVFDYGKG 501: RVGFAKAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)