AT4G01050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : thylakoid rhodanese-like | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein, contains a rhodanese homology domain. Required for anchoring the FNR flavoenzyme to the thylakoid membranes and sustaining high efficiency photosynthetic linear electron flow. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
thylakoid rhodanese-like (TROL); FUNCTIONS IN: protein binding; INVOLVED IN: defense response to bacterium, photosynthetic electron transport in photosystem II; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rhodanese-like (InterPro:IPR001763); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein (TAIR:AT3G25480.1); Has 6015 Blast hits to 4196 proteins in 851 species: Archae - 23; Bacteria - 2268; Metazoa - 876; Fungi - 517; Plants - 614; Viruses - 167; Other Eukaryotes - 1550 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:455874..458175 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49389.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 466 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEALKTATFS PMSVLSEKRS EPRKPFSLPN LFPPKSQRPI SQESFLKRFN GGLALLTSVL SSATAPAKSL TYEEALQQSM TTSSSFDSDG LIEGISNFVT 101: DNPLVIAGGV AALAVPFVLS QVLNKKPKSW GVESAKNAYT KLGTDDNAQL LDIRATADFR QVGSPNIKGL GKKAVSTVYN GEDKPGFLKK LSLKFKDPEN 201: TTLYILDKFD GNSELVAELV ALNGFKSAYA IKDGAEGPRG WLNSSLPWIE PKKTLSLDLS SLTDSISGVF GESSDGVSVA LGVAAAAGLS VFAFTEIETI 301: LQLLGSAALV QLAGKKLLFA EDRKQTLKQV DEFLNTKVAP KELVDELKEI GKALLPQSTS NKALPAPATV TAEAESATAT TTTVDKPVPE PETVAATTTT 401: VDKPVPEPEP VPEPVPVPAI EAAVAAQVIT EPTETEAKPK PHSRPLSPYA SYPDLKPPSS PMPSQP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)