AT2G42220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rhodanese-like (InterPro:IPR001763); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Rhodanese/Cell cycle control phosphatase superfamily protein (TAIR:AT3G08920.1); Has 955 Blast hits to 955 proteins in 207 species: Archae - 14; Bacteria - 343; Metazoa - 1; Fungi - 0; Plants - 204; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 393 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17592105..17593305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25511.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 234 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGIISPSPT ALYFTSNVGG RRLKAVSWAG KSVSGNVIRR RSLRIAAELK FVNAEEAKQL IAEEGYSVVD VRDKTQFERA HIKSCSHIPL FIYNEDNDIG 101: TIIKRTVHNN FSGLFFGLPF TKVNPEFLKS VRNEFSQDSK LLLVCQEGLR SAAAASRLEE AGYENIACVT SGLQSVKPGT FESVGSTELQ NAGKAGLITI 201: QGKISAVLGT VLVCAYLFIQ FFPDQAEKLF PPTS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)