AT4G00850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : GRF1-interacting factor 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Arabidopsis thaliana GRF1-interacting factor 3 (GIF3) mRNA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
GRF1-interacting factor 3 (GIF3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SSXT (InterPro:IPR007726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: GRF1-interacting factor 2 (TAIR:AT1G01160.1); Has 414 Blast hits to 414 proteins in 93 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 279; Fungi - 27; Plants - 81; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:357675..358928 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23771.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 223 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQQSPQMIPM VLPSFPPTNN ITTEQIQKYL DENKKLIMAI LENQNLGKLA ECAQYQALLQ KNLMYLAAIA DAQPQPPAAT LTSGAMTPQA MAPNPSSMQP 101: PPSYFMQQHQ AVGMAQQIPP GIFPPRGPLQ FGSPHQFLDP QQQLHQQAMQ GHMGIRPMGL NNNNGLQHQM HHHETALAAN NAGPNDASGG GKPDGTNMSQ 201: SGADGQGGSA ARHGGGDAKT EGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)