AT3G59940.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT2G44130.1); Has 2977 Blast hits to 2510 proteins in 188 species: Archae - 4; Bacteria - 251; Metazoa - 1720; Fungi - 24; Plants - 858; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 120 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22143009..22144265 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45972.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 418 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGVSKKKSGE IRGDLIPGLP EELAIECLVR VPFQFHSSIK SVCRSWKCVI SSRSFIKERI GFGKAESLLC LVQPLTSPPS PAMMEGGEMS QKKKEEEEGE 101: SQMTQQLLQP RITGTPLYGL SVYNATLDTW HRVAIPERIP LFCECVAIQD AGKVLLIGGW DPETLQPVRD VFVLDFFAGE GSGRRFRRGR PMSAARSFFA 201: CASVGSTKVY VAGGHDDQKN ALRSAEVYDV EKDEWSMLPP MTEGRDECHG FSMATDPGFC VLSGYGTETQ GQFRSDGEIY DPITNSWSTI ENVWPFPDLS 301: PRGRTAAAAA EFPGDFRGCR LWCFIDSERQ SQPHWEVEDD SMKWKVIMDT IRLPVTTMTS VFAGSLSGQA VAMIGGGGEE SGTMMVKTTA EKNGGKWSHV 401: NTPSGFSSLP FSCSSIYV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)