AT3G59810.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.696 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description (TAIR10) | protein_coding : Small nuclear ribonucleoprotein family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
Small nuclear ribonucleoprotein family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain (InterPro:IPR001163), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM) domain, eukaryotic/archaea-type (InterPro:IPR006649), Like-Sm ribonucleoprotein (LSM)-related domain (InterPro:IPR010920); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Small nuclear ribonucleoprotein family protein (TAIR:AT2G43810.2); Has 1159 Blast hits to 1159 proteins in 301 species: Archae - 313; Bacteria - 0; Metazoa - 297; Fungi - 260; Plants - 135; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 154 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22096841..22097666 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 9913.86 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 91 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MSGVEEKVSG TTKTPADFLK SIRGRPVVVK LNSGVDYRGT LTCLDGYMNI AMEQTEEYVN GQLKNKYGDA FIRGNNVLYI STVNMTVADG A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
|
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)