AT3G58140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phenylalanyl-tRNA synthetase class IIc family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
phenylalanyl-tRNA synthetase class IIc family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: tRNA processing, phenylalanyl-tRNA aminoacylation, translation, tRNA aminoacylation, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, mitochondrial (InterPro:IPR004530), Phenylalanyl-tRNA synthetase, beta subunit, ferrodoxin-fold anticodon-binding (InterPro:IPR005121), Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha chain (InterPro:IPR002319), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phenylalanyl-tRNA synthetase, putative / phenylalanine--tRNA ligase, putative (TAIR:AT4G39280.1); Has 12112 Blast hits to 12078 proteins in 3125 species: Archae - 246; Bacteria - 7816; Metazoa - 323; Fungi - 290; Plants - 111; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3326 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:21529988..21532386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49254.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 429 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTVFSVQSTI FSRASVALLS SNGFKRFSFV SSFSSSAAYS PPKMRKRRYP IVSAVDIGGV AIARNDVVRE DDPTNNVPDS IFSKLGMQLH RRDKHPIGIL 101: KNAIYDYFDS NYSNKFEKFE DLSPIVTTKQ NFDDVLVPAD HVSRSLNDTY YVDSQTVLRC HTSAHQAELL RKGHSRFLVT GDVYRRDSID STHYPVFHQM 201: EGFCVFSPED WNGSGKDSTL YAAEDLKKCL EGLARHLFGS VEMRWVDTYF PFTNPSFELE IYFKEDWLEV LGCGVTEQVI LKQSGLENNV AWAFGLGLER 301: LAMVLFDIPD IRFFWSSDER FTSQFGKGEL GVKFKPYSKY PPCYKDISFW ISDLFTENNF CEVVRGIAGD LVEEVKLIDQ FTNKKKGLTS HCYRIVFRSM 401: ERSLTDEEVN DLQSKVRDEV QKKLNVELR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)