AT3G54360.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.711 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : zinc ion binding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
zinc ion binding; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); Has 748 Blast hits to 691 proteins in 131 species: Archae - 16; Bacteria - 104; Metazoa - 470; Fungi - 16; Plants - 58; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 76 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:20128570..20131581 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44532.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 405 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTTSVCPFS KAARPDDGST RKQGEITASG CPFSKAARPD DASARKQGET TASGCPFSKS ARPDENGSKG CPEQEGNLNK DSTDSATVPA KCPFGYDSQT 101: FKLGPFSCML CQALLYESSR CVPCTHVFCK VCLTRFKDCP LCGADIESIE VDENLQKMVD QFIEGHARIK RSVVNGTEKE EVENDNKKVI YADVSMERGS 201: FLVQQAMRAF SAQNYESAKS RLAMCTEDIR DQLGREGNTP ELCSQLGAVL GMLGDCSRAM GDSSSAVKHF EESVEFLMKL PLNDLEITHT LSVSLNKIGD 301: LKYYDEDLQA ARSYYDRALN VRRDAMKHHP NAPSQILDVA VSLAKVADID RTLQNEVAAT DGFKEGMRLL ESLKLDSEDS ALEQRRLSVL EFLKKQVETD 401: AETAL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)