AT3G53350.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : ROP interactive partner 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ROP interactive partner 4 (RIP4); INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ROP interactive partner 3 (TAIR:AT2G37080.1); Has 125494 Blast hits to 67286 proteins in 3149 species: Archae - 1620; Bacteria - 20566; Metazoa - 57605; Fungi - 11002; Plants - 6921; Viruses - 471; Other Eukaryotes - 27309 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:19780190..19781555 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45682.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 396 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQTPKSRPGS LELPQKKSPL PAPKVVRRLK PSGAESDPKT KTISKTQIPK VVADRRSARI PLNEIQKKRT GRIPELESTI SQLQEELKKA KEELNRSEAL 101: KREAQEEAED AKHQLMDINA SEDSRIEELR KLSQERDKTW QSELEAMQRQ HGMDSTALSS AINEVQKLKS KLFESESELE QSKYEVRSLE KLVRQLEEER 201: VNSRDSSSSM EVEELKEAMN LSRQEITQLK SAVEAAETRY QEEYIQSTLQ IRSAYEQTEA VKSRYSQREA ELTEELNRTK DEIEGLRKEL MEKVKEDEST 301: GDLKKLESDL MEVRGSLMDK EMELQILRSA MEKKVETANT EAMEAELKRV KIQCEQWRKA AETAASILNN DEERTDSIET SKMLKKFGVL LKKNHK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)