AT3G52840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-galactosidase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
beta-galactosidase 2 (BGAL2); FUNCTIONS IN: cation binding, beta-galactosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: lactose catabolic process, using glucoside 3-dehydrogenase, carbohydrate metabolic process, lactose catabolic process via UDP-galactose, lactose catabolic process; LOCATED IN: apoplast; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 35, conserved site (InterPro:IPR019801), Glycoside hydrolase, family 35 (InterPro:IPR001944), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Galactose-binding domain-like (InterPro:IPR008979), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-galactosidase 12 (TAIR:AT4G26140.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19581244..19586097 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 82019.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 727 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSMHFRNKAW IILAILCFSS LIHSTEAVVT YDHKALIING QRRILISGSI HYPRSTPEMW PDLIKKAKEG GLDVIQTYVF WNGHEPSPGN YYFQDRYDLV 101: KFTKLVHQAG LYLDLRIGPY VCAEWNFGGF PVWLKYVPGM VFRTDNEPFK IAMQKFTKKI VDMMKEEKLF ETQGGPIILS QIENEYGPMQ WEMGAAGKAY 201: SKWTAEMALG LSTGVPWIMC KQEDAPYPII DTCNGFYCEG FKPNSDNKPK LWTENWTGWF TEFGGAIPNR PVEDIAFSVA RFIQNGGSFM NYYMYYGGTN 301: FDRTAGVFIA TSYDYDAPID EYGLLREPKY SHLKELHKVI KLCEPALVSV DPTITSLGDK QEIHVFKSKT SCAAFLSNYD TSSAARVMFR GFPYDLPPWS 401: VSILPDCKTE YYNTAKIRAP TILMKMIPTS TKFSWESYNE GSPSSNEAGT FVKDGLVEQI SMTRDKTDYF WYFTDITIGS DESFLKTGDN PLLTIFSAGH 501: ALHVFVNGLL AGTSYGALSN SKLTFSQNIK LSVGINKLAL LSTAVGLPNA GVHYETWNTG ILGPVTLKGV NSGTWDMSKW KWSYKIGLRG EAMSLHTLAG 601: SSAVKWWIKG FVVKKQPLTW YKSSFDTPRG NEPLALDMNT MGKGQVWVNG HNIGRHWPAY TARGNCGRCN YAGIYNEKKC LSHCGEPSQR WYHVPRSWLK 701: PFGNLLVIFE EWGGDPSGIS LVKRTAK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)