AT3G48780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine palmitoyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the two LCB2 subunits (LCB2a and LCB2b) of serine palmitoyltransferase, an enzyme involved in sphingolipid biosynthesis. LCB2a and LCB2b are functional redundant. Double mutants are gametophytic lethal. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
serine palmitoyltransferase 1 (SPT1); FUNCTIONS IN: serine C-palmitoyltransferase activity; INVOLVED IN: photomorphogenesis, sphingolipid biosynthetic process, pollen development; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site (InterPro:IPR001917), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: long chain base2 (TAIR:AT5G23670.2); Has 10415 Blast hits to 10387 proteins in 2165 species: Archae - 77; Bacteria - 7001; Metazoa - 736; Fungi - 585; Plants - 234; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 1773 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:18089346..18092276 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53866.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 489 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MITIPYLTAV STYFSYGLLF AFGQLRDYSR LIFDWWRTNN LQGYAPICLA HEDFYIRRLY HRIQDCFGRP ISSAPDAWID VVERVSDDNN KTLKRTTKTS 101: RCLNLGSYNY LGFGSFDEYC TPRVIESLKK FSASTCSSRV DAGTTSVHAE LEDCVAKYVG QPAAVIFGMG YATNSAIIPV LIGKGGLIIS DSLNHTSIVN 201: GARGSGATIR VFQHNTPGHL EKVLKEQIAE GQPRTHRPWK KIIVVVEGIY SMEGEICHLP EIVSICKKYK AYVYLDEAHS IGAIGKTGRG VCELLGVDTS 301: DVDIMMGTFT KSFGSCGGYI AGSKDLIQYL KHQCPAHLYA TSISTPSATQ IISAIKVILG EDGSNRGAQK LARIRENSNF FRAELQKMGF EVLGDNDSPV 401: MPIMLYNPAK IPAFSRECLR ENLAVVVVGF PATPLLLARA RICISASHSR EDLIKALQVI SKAGDLTGIK YFPAAPKKQE VEKNGIKLD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)