AT3G47990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SUGAR-INSENSITIVE 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SUGAR-INSENSITIVE 3 (SIS3); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: sugar mediated signaling pathway; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT5G66070.1); Has 9412 Blast hits to 9385 proteins in 270 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2601; Fungi - 698; Plants - 4895; Viruses - 18; Other Eukaryotes - 1200 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:17713367..17716051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40688.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 358 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMRGVDFKW YDGFFLSMLA TSVIIVAVNW NRYRACEYPL HIWIVVDYTT VFIFRVFMFV DNGLASGLGL DFGSQQRNAM FCGRVVVLSV LSLLLYPFLW 101: AWTVIGTQWF TKSKTCLPEE GQKWGFLIWL MFSYCGLLCI AFICVGKWLT RRQVHLLRAQ QGIPISEFGI LVDMIRVPDW AFEAAGQEMR GISQDAATYH 201: PGLYLTPAQT EAVEALIQEL PKFRLKAVPD DCGECLICLE EFHIGHEVRG LPCAHNFHVE CIDQWLRLNV KCPRCRCSVF PDLDLSALSN LQSSGTEQHS 301: QVNTETSEAR YIRSQPQSES YFLRVQSLIH PVHTDTALET AENGGVPPVL TDLSPSRR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)