AT3G46100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Histidyl-tRNA synthetase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
histidyl-tRNA synthetase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Histidyl-tRNA synthetase 1 (HRS1); FUNCTIONS IN: histidine-tRNA ligase activity; INVOLVED IN: histidyl-tRNA aminoacylation; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histidyl-tRNA synthetase, class IIa, subgroup (InterPro:IPR015807), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ H/ P/ S), conserved domain (InterPro:IPR002314), Anticodon-binding (InterPro:IPR004154), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), Histidyl-tRNA synthetase, class IIa (InterPro:IPR004516); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class II aaRS and biotin synthetases superfamily protein (TAIR:AT5G03406.1); Has 12183 Blast hits to 12140 proteins in 2982 species: Archae - 258; Bacteria - 7725; Metazoa - 293; Fungi - 147; Plants - 90; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3670 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16928444..16930984 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54562.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 486 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRAIHIVTTR LSSSFRPILL LDLVSSCSPP RQFSIPRRLI CAAANGGGRS GSIVAPLVTE EDFHKKIDVN PPKGTRDFPP EDMRLRNWLF NHFKEVSRLY 101: GYEEVDYPVL ETEALFIRKA GEEIRDQLYC FEDRGNRRVA LRPELTPSLA RLVIQKGKSV SLPLKWFAIG QCWRYERMTR GRRREHYQWN MDIIGVPQVT 201: AEAELISSIV TFFKRIGITA SDVGFKVSSR KVLQELLKKY GVPEDLFGRV CIIIDKIEKI PIDEIKKELG FTGISEDAIE QLLQVLSVKS LDDLEDIIGG 301: AGEAIADLKQ LFSLAEKFGY SEWIQFDASV VRGLAYYTGI VFEGFDRKGK LRAICGGGRY DRLLSTYGGD DFPACGFGFG DAVIVELLKE KDLLPELGQE 401: VENIVCALDK DLQGAAATVA TALRDKGQTV DLVLESKPLK WVFKRAARVN ARRLVLVGKT EWEDGSVSVK VLSSGEQFQV KLSDLE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)