AT3G27830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein L12-A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
50S ribosomal protein L12-A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein L12-A (RPL12-A); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: cotyledon, juvenile leaf, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L7/L12 (InterPro:IPR000206), Ribosomal protein L12, chloroplast (InterPro:IPR015608), Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation (InterPro:IPR008932), Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like (InterPro:IPR014719), Ribosomal protein L7/L12, C-terminal (InterPro:IPR013823); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L12-C (TAIR:AT3G27850.1); Has 8536 Blast hits to 8536 proteins in 2747 species: Archae - 0; Bacteria - 5673; Metazoa - 193; Fungi - 128; Plants - 248; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2294 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10318576..10319151 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20075.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 191 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASTTLSIAT TIRSSSYPTL ASINHFPSRT TTIEFPSRFG GGSSSTLTHR ATHLRPIAAV EAPEKIEKIG SEISSLTLEE ARILVDYLQD KFGVSPLSLA 101: PAAAAVAAPA DGGAAAVVEE QTEFDVVINE VPSSSRIAVI KAVRALTSLA LKEAKELIEG LPKKFKEGIT KDEAEEAKKT LEEAGAKVSI A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)