AT3G27060.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ferritin/ribonucleotide reductase-like family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the 3 ribonucleotide reductase (RNR) small subunit genes. TSO2 transcription occurs predominantly at the S-phase of the cell cycle and its expression pattern is consistent with its role in dNDP biosynthesis during DNA replication in actively dividing cells. Critical for cell cycle progression, DNA damage repair and plant development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TSO MEANING 'UGLY' IN CHINESE 2 (TSO2); FUNCTIONS IN: oxidoreductase activity, transition metal ion binding, ribonucleoside-diphosphate reductase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonucleotide reductase-related (InterPro:IPR012348), Ribonucleotide reductase (InterPro:IPR000358), Ferritin/ribonucleotide reductase-like (InterPro:IPR009078); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribonucleotide reductase 2A (TAIR:AT3G23580.1); Has 9355 Blast hits to 9350 proteins in 2299 species: Archae - 34; Bacteria - 4270; Metazoa - 263; Fungi - 240; Plants - 185; Viruses - 729; Other Eukaryotes - 3634 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:9979971..9981057 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38036.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 332 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSMPEEPLL TPTPDRFCMF PIHYPQIWEM YKKAEASFWT AEEVDLSQDN RDWENSLNDG ERHFIKHVLA FFAASDGIVL ENLASRFMSD VQVSEARAFY 101: GFQIAIENIH SEMYSLLLDT YIKDNKERDH LFRAIETIPC VAKKAQWAMK WIDGSQTFAE RIIAFACVEG IFFSGSFCSI FWLKKRGLMP GLTFSNELIS 201: RDEGLHCDFA CLLYTLLKTK LSEERVKSIV CDAVEIEREF VCDALPCALV GMNRDLMSQY IEFVADRLLG ALGYGKVYGV TNPFDWMELI SLQGKTNFFE 301: KRVGDYQKAS VMSSVNGNGA FDNHVFSLDE DF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)