AT3G07800.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.558 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Thymidine kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Thymidine kinase; FUNCTIONS IN: thymidine kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: pyrimidine deoxyribonucleoside interconversion, anaerobic respiration; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Thymidine kinase (InterPro:IPR001267), Thymidine kinase, conserved site (InterPro:IPR020633); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Thymidine kinase (TAIR:AT5G23070.1); Has 4049 Blast hits to 4037 proteins in 1500 species: Archae - 38; Bacteria - 2547; Metazoa - 142; Fungi - 7; Plants - 74; Viruses - 356; Other Eukaryotes - 885 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2489944..2490935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26080.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 238 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATLKASFLI KTLDSDVTGD FLSDLERRGS GAVHVIMGPM FSGKSTSLLR RIKSEISDGR SVAMLKSSKD TRYAKDSVVT HDGIGFPCWA LPDLMSFPEK 101: FGLDAYNKLD VIGIDEAQFF GDLYEFCCKV ADDDGKIVIV AGLDGDYLRR SFGAVLDIIP IADSVTKLTA RCEVCGHKAF FTLRKNCDTR TELIGGADVY 201: MPVCRKHYIT NHIVIKASKK VLEDSDKARA ESCVAATI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)