AT3G19510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like protein with RING/FYVE/PHD-type zinc finger domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the PHD-finger homeodomain protein family. The HAT3.1 homeodomain is highly divergent in sequence even at positions that are almost invariable among homeodomains. HAT3.1 shows a preference for the sequence T(A/G)(A/C)ACCA, different from those bound by other homeodomains. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HAT3.1; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding, DNA binding, transcription activator activity, sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: positive regulation of transcription, regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011), Zinc finger, PHD-finger (InterPro:IPR019787), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pathogenesis related homeodomain protein A (TAIR:AT4G29940.1); Has 21195 Blast hits to 13195 proteins in 937 species: Archae - 172; Bacteria - 5087; Metazoa - 6772; Fungi - 2621; Plants - 1255; Viruses - 207; Other Eukaryotes - 5081 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6763205..6766049 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80465.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 723 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYKAVSKRVT RSSGSGLKQT NVDNGGEISP TVDRVSEQGK SSEAGSHMPT DANGNGHLHH EIMDHGKGNE EQKPTPQTVK KDSNTNTKFS GSHRELVIGL 101: PCRGQFEIHN RSRASTSSKR LGGGGERNVL FASHKRAQRS KEDAGPSSVV ANSTPVGRPK KKNKTMNKGQ VREDDEYTRI KKKLRYFLNR INYEQSLIDA 201: YSLEGWKGSS LEKIRPEKEL ERATKEILRR KLKIRDLFQH LDTLCAEGSL PESLFDTDGE ISSEDIFCAK CGSKDLSVDN DIILCDGFCD RGFHQYCLEP 301: PLRKEDIPPD DEGWLCPGCD CKDDSLDLLN DSLGTKFSVS DSWEKIFPEA AAALVGGGQN LDCDLPSDDS DDEEYDPDCL NDNENDEDGS DDNEESENED 401: GSSDETEFTS ASDEMIESFK EGKDIMKDVM ALPSDDSEDD DYDPDAPTCD DDKESSNSDC TSDTEDLETS FKGDETNQQA EDTPLEDPGR QTSQLQGDAI 501: LESDVGLDDG PAGVSRRRNV ERLDYKKLYD EEYDNVPTSS SDDDDWDKTA RMGKEDSESE DEGDTVPLKQ SSNAEDHTSK KLIRKSKRAD KKDTLEMPQE 601: GPGENGGSGE IEKSSSSACK QTDPKTQRLY ISFQENQYPD KATKESLAKE LQMTVKQVNN WFKHRRWSIN SKPLVSEENV EKLKTGKEGE CETSVAGSSK 701: QTMETESVAE KPTNTGSRKR RRK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)