AT3G19130.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding protein 47B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding protein 47B (RBP47B); FUNCTIONS IN: RNA binding; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding protein 47A (TAIR:AT1G49600.1); Has 37628 Blast hits to 21966 proteins in 866 species: Archae - 14; Bacteria - 2376; Metazoa - 18486; Fungi - 4600; Plants - 6856; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 5288 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6611398..6613823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48121.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 435 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQTTNGSDST LATSGATPPN QQTPPPPQQW QQQQQQQQQW MAAMQYPPAA AMMMMQQQQM LMYPHQYVPY NQGPYQQHHP QLHQYGSYQQ HQHQQHKAID 101: RGSGDDVKTL WVGDLLHWMD ETYLHSCFSH TGEVSSVKVI RNKLTSQSEG YGFVEFLSRA AAEEVLQNYS GSVMPNSDQP FRINWASFST GEKRAVENGP 201: DLSVFVGDLS PDVTDVLLHE TFSDRYPSVK SAKVVIDSNT GRSKGYGFVR FGDENERSRA LTEMNGAYCS NRQMRVGIAT PKRAIANQQQ HSSQAVILAG 301: GHGSNGSMGY GSQSDGESTN ATIFVGGIDP DVIDEDLRQP FSQFGEVVSV KIPVGKGCGF VQFADRKSAE DAIESLNGTV IGKNTVRLSW GRSPNKQWRG 401: DSGQQWNGGY SRGHGYNNGG GYANHHDSNN YHGEN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)