AT3G11980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Jojoba acyl CoA reductase-related male sterility protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Similar to fatty acid reductases. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
MALE STERILITY 2 (MS2); FUNCTIONS IN: fatty-acyl-CoA reductase (alcohol-forming) activity, oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor; INVOLVED IN: microsporogenesis, pollen exine formation; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: leaf whorl, sepal, flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Male sterility (InterPro:IPR004262), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Male sterility, NAD-binding (InterPro:IPR013120); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid reductase 6 (TAIR:AT3G56700.1); Has 2390 Blast hits to 2358 proteins in 427 species: Archae - 4; Bacteria - 606; Metazoa - 985; Fungi - 290; Plants - 282; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 223 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3814484..3816927 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68419.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 616 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEALFLSSSS SSIVASNKLT RLHNHCVWST VIRDKKRFGP TWCRVGGGGD GGRNSNAERP IRVSSLLKDR GQVLIREQSS PAMDAETLVL SPNGNGRTIE 101: INGVKTLMPF SGASMVGMKE GLGIISFLQG KKFLITGSTG FLAKVLIEKV LRMAPDVSKI YLLIKAKSKE AAIERLKNEV LDAELFNTLK ETHGASYMSF 201: MLTKLIPVTG NICDSNIGLQ ADSAEEIAKE VDVIINSAAN TTFNERYDVA LDINTRGPGN LMGFAKKCKK LKLFLQVSTA YVNGQRQGRI MEKPFSMGDC 301: IATENFLEGN RKALDVDREM KLALEAARKG TQNQDEAQKM KDLGLERARS YGWQDTYVFT KAMGEMMINS TRGDVPVVII RPSVIESTYK DPFPGWMEGN 401: RMMDPIVLCY GKGQLTGFLV DPKGVLDVVP ADMVVNATLA AIAKHGMAMS DPEPEINVYQ IASSAINPLV FEDLAELLYN HYKTSPCMDS KGDPIMVRLM 501: KLFNSVDDFS DHLWRDAQER SGLMSGMSSV DSKMMQKLKF ICKKSVEQAK HLATIYEPYT FYGGRFDNSN TQRLMENMSE DEKREFGFDV GSINWTDYIT 601: NVHIPGLRRH VLKGRA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)