AT3G11280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Duplicated homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Putative transcription factors interacting with the gene product of VHA-B1 (vacuolar ATPase subunit B1; as shown through yeast two-hybrid assay). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Duplicated homeodomain-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), SANT, eukarya (InterPro:IPR017884), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Duplicated homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT5G05790.1); Has 1712 Blast hits to 1708 proteins in 167 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 132; Fungi - 4; Plants - 1403; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 173 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3533477..3534393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29609.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 263 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METLHPFSHL PISDHRFVVQ EMVSLHSSSS GSWTKEENKM FERALAIYAE DSPDRWFKVA SMIPGKTVFD VMKQYSKLEE DVFDIEAGRV PIPGYPAASS 101: PLGFDTDMCR KRPSGARGSD QDRKKGVPWT EEEHRRFLLG LLKYGKGDWR NISRNFVVSK TPTQVASHAQ KYYQRQLSGA KDKRRPSIHD ITTGNLLNAN 201: LNRSFSDHRD ILPDLGFIDK DDTEEGVIFM GQNLSSENLF SPSPTSFEAA INFAGENVFS AGA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)