AT3G10330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Cyclin-like family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Cyclin-like family protein; FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription factor activity, transcription regulator activity, zinc ion binding, translation initiation factor activity; INVOLVED IN: translational initiation, regulation of transcription, DNA-dependent, transcription initiation, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor TFIIB related (InterPro:IPR000812), Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Transcription factor TFIIB, cyclin-related (InterPro:IPR013150), Cyclin-related (InterPro:IPR013763), Zinc finger, TFIIB-type (InterPro:IPR013137), Cyclin (InterPro:IPR006670); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transcription factor IIB (TAIR:AT2G41630.1); Has 1989 Blast hits to 1976 proteins in 358 species: Archae - 539; Bacteria - 1; Metazoa - 303; Fungi - 308; Plants - 195; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 631 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3199907..3201642 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34223.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 312 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSDAFCSDCK RHTEVVFDHS AGDTVCSECG LVLESHSIDE TSEWRTFANE SGDNDPVRVG GPTNPLLADG GLTTVISKPN GSSGDFLSSS LGRWQNRGSN 101: PDRGLIVAFK TIATMADRLG LVATIKDRAN EIYKRVEDQK SSRGRNQDAL LAACLYIACR QEDKPRTVKE ICSVANGATK KEIGRAKEYI VKQLGLETGQ 201: LVEMGTIHAG DFMRRFCSNL GMTNQTVKAA QESVQKSEEF DIRRSPISIA AAVIYIITQL SDEKKPLRDI SVATGVAEGT IRNSYKDLYP HLSKIIPAWY 301: AKEEDLKNLQ SP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)