AT3G08550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.500 plasma membrane 0.500 ASURE: extracellular,plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : elongation defective 1 protein / ELD1 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
mutant is Dwarfed and shows defects in cell elongation; Cellulose deficient; Plasma Membrane Protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KOBITO (KOB1); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: unknown protein (TAIR:AT3G57200.1); Has 94 Blast hits to 94 proteins in 32 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 75; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 5 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2596513..2599515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59892.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 533 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSTHHHRAP LISASSSSSS SSQNHSFVSR LLLLLTLLPV SLACLAFILQ WRGGGLADPA SASVRSSTSV PGGSDLNHEV FPGMETVSSV SPKSHQSSSD 101: CSNLARSSSP SFPYYADWKF GVDTSLKPKI CITTSTSAGL DQILPWMFYH KVLGVSTFFL FVEGKAATPS ISKVLESIPG VKVIYRTKEL EEKQAKSRIW 201: NETWLSSFFY KPCNYELFVK QSLNMEMAIV MARDAGMDWI LHLDTDELIY PAGAREYSLR RLLLDVPPNV DMVIFPNYES SVERDDIKDP FTEVSMFKKN 301: YDHLPKDTYF GMYKEATRNN PNYFLTYGNG KSVARVQDHL RPNGAHRWHN YMKTPNEIKL EEAAVLHYTY SKFSDLTSRR DRCGCKPTKE DVKRCFMLDF 401: DRSAFIIAST ATDEEMLSWY REHVVWGDKD VKTKLLRKGI LTRIYSPMVV IQALKESGVF SSVVSSASTN LSKKKFLSSI HKSNSSRSTA SESLPSKESK 501: SEGISARHLL EAESAIPPLS PPGMEQARFF TED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)