AT3G06330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Zinc finger, RING-CH-type (InterPro:IPR011016); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT5G18760.1); Has 1679 Blast hits to 1517 proteins in 175 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 662; Fungi - 120; Plants - 648; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 245 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1917334..1919709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46713.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 426 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKMQDSAAQE PEIAIIVGDS SSSSLHSSSQ VTEKSTEDVP SCSHLDLSIQ IPSRSLPFGN GRNPKGSLKS TPSFKSGTTS SPRGILRNLS LKKKVISQPE 101: SERSSLLSPG LMETAKKPNA TGSTTSPYWK RCLSLPSRQA AKLSPVVSTQ LSAGVPGDPP NKDYSRSLSM PGRNKVIVRS ISFDNHKARV SSETSADQVS 201: SVPPEETDEE IPEEEAVCRI CLDVCEEGNT LKMECSCKGD LRLVHEACAM KWFSTKGTRT CDVCRQVVQN LPVTLVRVPT PNQQNNRRGS SQQNMPSQTV 301: SAWQEFVVLV LISTVCYFFF LEQLLIRDLN KQAIYIAAPF SLTLGLLASI FAIVLAIREY IWTYAALEFA LVGMLVHIFY ATVRLSATYS ILFAGILGFG 401: IAVCLNSLYL HYFAWRVRVA QNSSPV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)