AT3G05640.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.981 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Protein phosphatase 2C family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Protein phosphatase 2C family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: response to water deprivation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein phosphatase 2C family protein (TAIR:AT5G27930.2); Has 5684 Blast hits to 5679 proteins in 292 species: Archae - 2; Bacteria - 4; Metazoa - 1387; Fungi - 671; Plants - 2430; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1185 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1640610..1642227 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 39782.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 358 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGHFSSMFNG IARSFSIKKA KNINSSKSYA KEATDEMARE AKKKELILRS SGCINADGSN NLASVFSRRG EKGVNQDCAI VWEGYGCQED MIFCGIFDGH 101: GPWGHFVSKQ VRNSMPISLL CNWKETLSQT TIAEPDKELQ RFAIWKYSFL KTCEAVDLEL EHHRKIDSFN SGTTALTIVR QGDVIYIANV GDSRAVLATV 201: SDEGSLVAVQ LTVDFKPNLP QEEERIIGCN GRVFCLQDEP GVHRVWQPVD ESPGLAMSRA FGDYCIKDYG LVSVPEVTQR HISIRDQFII LATDGVWDVI 301: SNQEAIDIVS STAERAKAAK RLVQQAVRAW NRKRRGIAMD DISAVCLFFH SSSSSPSL |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)