AT3G04450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Homeodomain-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT5G29000.2); Has 1755 Blast hits to 1738 proteins in 93 species: Archae - 0; Bacteria - 13; Metazoa - 34; Fungi - 3; Plants - 1652; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1184302..1186264 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49402.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 442 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTLASDFGFP SAISSSFTIL EERYHNNFPN TLCVSSGQES MNNNPVPCQV FPLVSGGSSG GNLFSSSSGF CNGVYVSSSS QARPSVSTVP RDRITVAHVS 101: GEGQRQECPV ETHSLQLINQ PQEQKIMTWS SDQIRGFFDF PVPDPQAASS RTMVSSKEVL SKCEWPDWAD QLISDDSLEP NWSELLGDPN VLNLYSKIET 201: QSSDIARQEI VFRNQHQVDP SMEPFNAKSP PASSMTSKQR MRWTPELHEA FVEAINQLGG SERATPKAVL KLINSPGLTV YHVKSHLQKY RTARYKPELS 301: KDTEEPLVKN LKTIEDIKSL DLKTSIEITE ALRLQMKVQK QLHEQLEIQR SLQLQIEEQG RYLQMMIEKQ QKMQENKKDS TSSSSMPEAD PSAPSPNLSQ 401: PFLHKATNSE PSITQKLQNG SSTMDQSEST SGTSNRKRVR ED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)