AT3G04130.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT3G22670.1); Has 33193 Blast hits to 12271 proteins in 280 species: Archae - 2; Bacteria - 32; Metazoa - 336; Fungi - 402; Plants - 31397; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1024 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1084136..1085662 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58708.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 508 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSWLIQNRIG NTLLRLNPSS SSIAIFSTFI KNLSTASEQL PETLDEYSQS EEIWNVIVGR DGDRDSEDDV FKRLSSDEIC KRVNLSDGLV HKLLHRFRDD 101: WRSALGILKW AESCKGHKHS SDAYDMAVDI LGKAKKWDRM KEFVERMRGD KLVTLNTVAK IMRRFAGAGE WEEAVGIFDR LGEFGLEKNT ESMNLLLDTL 201: CKEKRVEQAR VVLLQLKSHI TPNAHTFNIF IHGWCKANRV EEALWTIQEM KGHGFRPCVI SYTTIIRCYC QQFEFIKVYE MLSEMEANGS PPNSITYTTI 301: MSSLNAQKEF EEALRVATRM KRSGCKPDSL FYNCLIHTLA RAGRLEEAER VFRVEMPELG VSINTSTYNS MIAMYCHHDE EDKAIELLKE MESSNLCNPD 401: VHTYQPLLRS CFKRGDVVEV GKLLKEMVTK HHLSLDESTY TFLIQRLCRA NMCEWAYCLF EEMISQDITP RHRTCLLLLE EVKKKNMHES AERIEHIMKT 501: VKLTAPVK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)