AT3G01040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.920 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : galacturonosyltransferase 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with putative galacturonosyltransferase activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
galacturonosyltransferase 13 (GAUT13); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycosyl transferase, family 8 (InterPro:IPR002495); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: galacturonosyltransferase 14 (TAIR:AT5G15470.1); Has 1671 Blast hits to 1663 proteins in 335 species: Archae - 0; Bacteria - 670; Metazoa - 145; Fungi - 4; Plants - 816; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 34 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9392..11979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61147.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 533 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQLHISPSMR SITISSSNEF IDLMKIKVAA RHISYRTLFH TILILAFLLP FVFILTAVVT LEGVNKCSSF DCFGRRLGPR LLGRIDDSEQ RLVRDFYKIL 101: NEVSTQEIPD GLKLPESFSQ LVSDMKNNHY DAKTFALVFR AMVEKFERDL RESKFAELMN KHFAASSIPK GIHCLSLRLT DEYSSNAHAR RQLPSPELLP 201: VLSDNAYHHF VLATDNILAA SVVVSSAVQS SSKPEKIVFH VITDKKTYAG MHSWFALNSV APAIVEVKSV HQFDWLTREN VPVLEAVESH NSIRNYYHGN 301: HIAGANLSET TPRTFASKLQ SRSPKYISLL NHLRIYLPEL FPNLDKVVFL DDDIVIQKDL SPLWDIDLNG KVNGAVETCR GEDVWVMSKR LRNYFNFSHP 401: LIAKHLDPEE CAWAYGMNIF DLRTWRKTNI RETYHSWLKE NLKSNLTMWK LGTLPPALIA FKGHVQPIDS SWHMLGLGYQ SKTNLENAKK AAVIHYNGQS 501: KPWLEIGFEH LRPFWTKYVN YSNDFIKNCH ILE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)