AT2G43620.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chitinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Chitinase family protein; FUNCTIONS IN: chitin binding, chitinase activity; INVOLVED IN: response to salt stress; LOCATED IN: apoplast; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chitin-binding, type 1, conserved site (InterPro:IPR018371), Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Chitin-binding, type 1 (InterPro:IPR001002), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chitinase family protein (TAIR:AT2G43610.1); Has 3021 Blast hits to 2751 proteins in 582 species: Archae - 0; Bacteria - 707; Metazoa - 34; Fungi - 290; Plants - 1778; Viruses - 39; Other Eukaryotes - 173 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18093954..18095025 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30379.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 283 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATLRAMLKN AFILFLFTLT IMAKTVFSQQ CGTTGCAANL CCSRYGYCGT TDAYCGTGCR SGPCSSSTTP IPPTPSGGAG GLNADPRDTI ENVVTPAFFD 101: GIMSKVGNGC PAKGFYTRQA FIAAAQSFDA YKGTVAKREI AAMLAQFSHE SGSFCYKEEI ARGKYCSPST AYPCTPGKDY YGRGPIQITW NYNYGAAGKF 201: LGLPLLTDPD MVARSPQVAF QCAMWFWNLN VRPVLDQGFG ATTRKINGGE CNGRRPAAVQ SRVNYYLEFC RTLGITPGAN LSC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)