AT2G43570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : chitinase, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
chitinase, putative (CHI); FUNCTIONS IN: chitin binding, chitinase activity; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process, cell wall macromolecule catabolic process; LOCATED IN: apoplast, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 15 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chitin-binding, type 1, conserved site (InterPro:IPR018371), Glycoside hydrolase, family 19 (InterPro:IPR016283), Chitin-binding, type 1 (InterPro:IPR001002), Glycoside hydrolase, family 19, catalytic (InterPro:IPR000726); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Chitinase family protein (TAIR:AT2G43590.1); Has 2763 Blast hits to 2517 proteins in 507 species: Archae - 0; Bacteria - 569; Metazoa - 35; Fungi - 239; Plants - 1787; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 124 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:18076389..18077435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29776.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 277 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKPTSRNDR FALFFITLIF LILTVSKPVA SQNCGCASDF CCSKYGYCGT TDEFCGEGCQ AGPCRSSGGG GDPAVSLEGT VTPDFFNSIL NQRGDCPGKG 101: FYTHDTFMAA ANSYPSFGAS ISKREIAAFF AHVAQETGFM CYIEEIDGPA KAASGEYCDT EKPEFPCAQG KGYYGRGAIQ LSWNYNYGLC GKALDENLLA 201: SPEKVAQDQV LAFKTAFWFW TTNVRTSFKS GFGATIRAVN SRECSGGDST AKAANRIKYF QDYCGKLGVA PGDNLTC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)