AT2G29350.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plasma membrane 0.441 vacuole 0.388 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : senescence-associated gene 13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
senescence-associated gene SAG13 encoding a short-chain alcohol dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
senescence-associated gene 13 (SAG13); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site (InterPro:IPR020904), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), Glucose/ribitol dehydrogenase (InterPro:IPR002347), Short-chain dehydrogenase/reductase SDR (InterPro:IPR002198); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein (TAIR:AT2G29290.2); Has 124599 Blast hits to 124224 proteins in 3643 species: Archae - 998; Bacteria - 81817; Metazoa - 5872; Fungi - 6443; Plants - 2971; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 26493 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr2:+:12601036..12602222 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 28821.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 269 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKEGGLGEN SRWSLGGMTA LVTGGSKGIG EAVVEELAML GAKVHTCARD ETQLQERLRE WQAKGFQVTT SVCDVSSRDQ RVKLMETVSS LYQGKLNILV 101: NNVGTSIFKP TTEYTAEDFS FVMATNLESA FHLSQLAHPL LKASGSGSIV LISSAAGVVH VNVGSIYGAT KGAMNQLARN LACEWASDNI RTNSVCPWYI 201: TTPLSNDFFD EEFKKEAVRT TPMGRVGEAN EVSPLVAFLC LPSASYITGQ TICVDGGATV NGFSFKTMP |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)