AT2G43090.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase protein; FUNCTIONS IN: hydro-lyase activity, 3-isopropylmalate dehydratase activity; INVOLVED IN: response to salt stress, metabolic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 3-isopropylmalate dehydratase, small subunit-like (InterPro:IPR012305), Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel (InterPro:IPR000573), Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel (InterPro:IPR015928), Aconitase-like core (InterPro:IPR015937); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopropylmalate isomerase 1 (TAIR:AT3G58990.1); Has 8413 Blast hits to 8412 proteins in 2279 species: Archae - 351; Bacteria - 5415; Metazoa - 18; Fungi - 351; Plants - 71; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2207 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17918957..17919712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26791.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 251 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASLQSANP TLSRTLASPN KPSSFATFRS PFLRFNSTSV ASNFKPLVSR EASSSFVTRS AAEPQERKTF HGLCYVVGDN IDTDQIIPAE FLTLVPSNPE 101: EYEKLGSYAL VGLPASYKER FVQPGEMKTK YSIIIGGENF GCGSSREHAP VCLGAAGAKA VVAQSYARIF FRNSVATGEV YPLDSEVRVC DECTTGDVAT 201: VELREGDSIL INHTTGKEYK LKPIGDAGPV IDAGGIFAYA RKAGMIPSAA A |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)