AT2G40490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Uroporphyrinogen decarboxylase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
HEME2; FUNCTIONS IN: uroporphyrinogen decarboxylase activity; INVOLVED IN: porphyrin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uroporphyrinogen decarboxylase HemE (InterPro:IPR006361), Uroporphyrinogen decarboxylase (URO-D) (InterPro:IPR000257); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Uroporphyrinogen decarboxylase (TAIR:AT3G14930.2); Has 7458 Blast hits to 7455 proteins in 2032 species: Archae - 137; Bacteria - 4041; Metazoa - 236; Fungi - 136; Plants - 121; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2787 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:16912961..16914988 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43582.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 394 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSILQVSTSS LSSSTLLSIS PRKSLSSTKS CRIVRCSVEG TTVTERKVSA TSEPLLLRAV KGEVVDRPPV WLMRQAGRYM KSYQTLCEKY PSFRDRSENA 101: DLVVEISLQP WKVFKPDGVI LFSDILTPLS GMNIPFDIVK GKGPIIFNPP QSAADVAQVR EFVPEESVPY VGEALRRLRN EVNNEAAVLG FVGAPFTLSS 201: YVIEGGSSKN FTQIKRLAFS QPKVLHALLQ KFTTSMITYI RYQADSGAQA VQIFDSWATE LSPVDFEEFS LPYLKQIVEA VKQTHPNLPL ILYASGSGGL 301: LERLARTGVD VVSLDWTVDM AEGRDRLGRD IAVQGNVDPG VLFGSKEFIT SRIHDTVKKA GRDKHILNLG HGIKVGTPEE NVAHFFEVAQ EIRY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)