AT2G36100.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.991 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Uncharacterised protein family (UPF0497) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Uncharacterised protein family (UPF0497); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0497, trans-membrane plant (InterPro:IPR006702), Uncharacterised protein family UPF0497, trans-membrane plant subgroup (InterPro:IPR006459); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Uncharacterised protein family (UPF0497) (TAIR:AT3G11550.1); Has 599 Blast hits to 599 proteins in 21 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 599; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15159744..15160669 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21970.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 206 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKESTTIDV GEPSTVTKSS SHVVKDAKKK GFVAVASRGG AKRGLAIFDF LLRLAAIAVT IGAASVMYTA EETLPFFTQF LQFQAGYDDL PAFQYFVIAV 101: AVVASYLVLS LPFSIVSIVR PHAVAPRLIL LICDTLVVTL NTSAAAAAAS ITYLAHNGNQ STNWLPICQQ FGDFCQNVST AVVADSIAIL FFIVLIIISA 201: IALKRH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)