AT2G34430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Photosystem II type I chlorophyll a/b-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B1 (LHB1B1); FUNCTIONS IN: chlorophyll binding; INVOLVED IN: photosynthesis, light harvesting in photosystem II, photosynthesis; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: shoot, cotyledon, guard cell, cultured cell, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chlorophyll A-B binding protein (InterPro:IPR001344); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chlorophyll A/B binding protein 1 (TAIR:AT1G29930.1); Has 2425 Blast hits to 2344 proteins in 223 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 4; Fungi - 0; Plants - 2094; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 327 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:14524818..14525618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28171.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 266 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAASTMALSS PALTGKAVKL SPAASEVFGT GRITMRKASK PTGPSGSPWY GSDRVKYLGP FSGEPPSYLT GEFPGDYGWD TAGLSADPET FARNRELEVI 101: HSRWAMLGAL GCVFPELLAR NGVKFGEAVW FKAGSQIFSD GGLDYLGNPS LVHAQSILAI WATQVILMGA VEGYRVAGDG PLGEAEDLLY PGGSFDPLGL 201: ATDPEAFAEL KVKELKNGRL AMFSMFGFFV QAIVTGKGPL ENLADHLADP VNNNAWAFAT NFVPGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)