AT2G33730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, nucleic acid binding, ATP binding, ATP-dependent helicase activity; LOCATED IN: nucleus, cytoplasm; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT1G28180.1); Has 125674 Blast hits to 72393 proteins in 3317 species: Archae - 1039; Bacteria - 55089; Metazoa - 31149; Fungi - 11223; Plants - 5926; Viruses - 327; Other Eukaryotes - 20921 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:14265679..14267880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 85282.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 733 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRTINEVVG STSVNTLDSS IAKKPVFLTK KQREELALKR RQDQISEQRV RREQLGRPEP ETEDVSNGDT NRDKDRDRDR DRDRERDRDR ERDRGRDRDR 101: DRDRDRDRDR ERERDRERDR RERDREPDRR NREKEREEEV KAREKARVEK LVEREKEKEL DAIKEQYLGG KKPKKRVIRP SEKFRFSFDW ENTEDTSRDM 201: NVLYQNPHEA QLLFGRGFRA GMDRREQKKQ AAKHEKEMRD EIRKKDGIVE KPEEAAAQRV REEAADTYDS FDMRVDRHWS DKRLEEMTER DWRIFREDFN 301: ISYKGSRIPR PMRSWEESKL TSELLKAVER AGYKKPSPIQ MAAIPLGLQQ RDVIGIAETG SGKTAAFVLP MLAYISRLPP MSEENETEGP YAVVMAPTRE 401: LAQQIEEETV KFAHYLGFRV TSIVGGQSIE EQGLKITQGC EIVIATPGRL IDCLERRYAV LNQCNYVVLD EADRMIDMGF EPQVAGVLDA MPSSNLKPEN 501: EEEELDEKKI YRTTYMFSAT MPPGVERLAR KYLRNPVVVT IGTAGKTTDL ISQHVIMMKE SEKFFRLQKL LDELGEKTAI VFVNTKKNCD SIAKNLDKAG 601: YRVTTLHGGK SQEQREISLE GFRAKRYNVL VATDVVGRGI DIPDVAHVIN YDMPKHIEMY THRIGRTGRA GKSGVATSFL TLHDTEVFYD LKQMLVQSNS 701: AVPPELARHE ASRFKPGTVP DRPPRHSDTV YIN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)