AT2G20260.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : photosystem I subunit E-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes subunit E of photosystem I. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
photosystem I subunit E-2 (PSAE-2); FUNCTIONS IN: catalytic activity; INVOLVED IN: photosynthesis; LOCATED IN: thylakoid, chloroplast thylakoid membrane, chloroplast, plastoglobule, photosystem I reaction center; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Photosystem I reaction centre subunit IV/PsaE (InterPro:IPR003375), Electron transport accessory protein (InterPro:IPR008990); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE protein (TAIR:AT4G28750.1); Has 441 Blast hits to 441 proteins in 130 species: Archae - 0; Bacteria - 177; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 90; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 171 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8736780..8737644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 15190.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 10.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 145 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMTSAATGF ILTANVPAAI GGGSSKSTTI VSFLPMRSFG SRLVVRAAED TPPATASSDS SSTTAAAAPA KVPAAKAKPP PIGPKRGSKV KILRKESYWY 101: KNVGSVVAVD QDPKTRYPVV VRFAKVNYAN ISTNNYALDE VEEVK |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)