AT2G19760.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : profilin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
first member of the Arabidopsis profilin multigene family, expressed in all organs of Arabidopsis. Binds poly-L-proline. The first intron of PRF1 enhances gene expression in vegetative tissues. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
profilin 1 (PRF1); FUNCTIONS IN: actin binding; INVOLVED IN: actin polymerization or depolymerization, cytoskeleton organization, unidimensional cell growth; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 30 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Profilin/allergen (InterPro:IPR002097), Profilin, plant (InterPro:IPR005455); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: profilin 2 (TAIR:AT4G29350.1); Has 937 Blast hits to 936 proteins in 250 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 144; Fungi - 125; Plants - 584; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 82 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:8517074..8518067 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14267.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 131 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSWQSYVDDH LMCDVEGNHL TAAAILGQDG SVWAQSAKFP QLKPQEIDGI KKDFEEPGFL APTGLFLGGE KYMVIQGEQG AVIRGKKGPG GVTIKKTNQA 101: LVFGFYDEPM TGGQCNLVVE RLGDYLIESE L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)