AT2G18950.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homogentisate phytyltransferase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes homogentisate phytyltransferase involved in tocopherol biosynthesis. Has impact on seed longevity and plays a role in the adaptation to low temperature stress, notably phloem loading. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homogentisate phytyltransferase 1 (HPT1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UbiA prenyltransferase (InterPro:IPR000537); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homogentisate prenyltransferase (TAIR:AT3G11945.1); Has 1047 Blast hits to 1044 proteins in 315 species: Archae - 194; Bacteria - 477; Metazoa - 7; Fungi - 6; Plants - 190; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 173 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:8207491..8210047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43911.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESLLSSSSL VSAAGGFCWK KQNLKLHSLS EIRVLRCDSS KVVAKPKFRN NLVRPDGQGS SLLLYPKHKS RFRVNATAGQ PEAFDSNSKQ KSFRDSLDAF 101: YRFSRPHTVI GTVLSILSVS FLAVEKVSDI SPLLFTGILE AVVAALMMNI YIVGLNQLSD VEIDKVNKPY LPLASGEYSV NTGIAIVASF SIMSFWLGWI 201: VGSWPLFWAL FVSFMLGTAY SINLPLLRWK RFALVAAMCI LAVRAIIVQI AFYLHIQTHV FGRPILFTRP LIFATAFMSF FSVVIALFKD IPDIEGDKIF 301: GIRSFSVTLG QKRVFWTCVT LLQMAYAVAI LVGATSPFIW SKVISVVGHV ILATTLWARA KSVDLSSKTE ITSCYMFIWK LFYAEYLLLP FLK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)