AT2G15230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : lipase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Lipase active on medium and short chain triacylglycerols, but not on phospho- or galactolipids. Active between pH4 and 7 with an optimum at pH6. Knock-out mutant has not obvious phenotype. Predicted to be extracellular. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
lipase 1 (LIP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: AB-hydrolase-associated lipase region (InterPro:IPR006693), Alpha/beta hydrolase fold-1 (InterPro:IPR000073); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Myzus persicae-induced lipase 1 (TAIR:AT5G14180.1); Has 1912 Blast hits to 1877 proteins in 247 species: Archae - 0; Bacteria - 112; Metazoa - 1231; Fungi - 287; Plants - 167; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 115 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:6612666..6615204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44233.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 393 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKWLLVAVLT SLTIFSALTQ SHLLHGSPVN SLCADLIHPA NYSCTEHSIQ TKDGYILALQ RVASLGPRLQ SGPPVLLQHG LFMAGDVWFL NSPKESLGFI 101: LADHGFDVWV GNVRGTRYSY GHVTLSDTDK EFWDWSWQDL AMYDLAEMIQ YLYSISNSKI FLVGHSQGTI MSFAALTQPH VAEMVEAAAL LCPISYLDHV 201: TAPLVERMVF MHLDQMVVAL GLHQINFRSD MLVKLVDSLC EGHMDCTDFL TSITGTNCCF NASKIEYYLD YEPHPSSVKN IRHLFQMIRK GTFAQYDYGY 301: FKNLRTYGLS KPPEFILSHI PASLPMWMGY GGTDGLADVT DVEHTLAELP SSPELLYLED YGHIDFVLGS SAKEDVYKHM IQFFRAKVKS SSW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)