AT2G04450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.981 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nudix hydrolase homolog 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with NADH pyrophosphatase activity. Although this protein was also shown to have ADP-ribose diphosphatase activity in vitro, mutant analyses suggest that NUDX6 is involved in NADH metabolism in vivo. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nudix hydrolase homolog 6 (NUDT6); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, ADP-ribose diphosphatase activity, NAD or NADH binding, NADH pyrophosphatase activity; INVOLVED IN: response to other organism, positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), NUDIX hydrolase, conserved site (InterPro:IPR020084), Nudix hydrolase 6-like (InterPro:IPR003293), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: MutT/nudix family protein (TAIR:AT4G12720.3); Has 2998 Blast hits to 2996 proteins in 719 species: Archae - 33; Bacteria - 1649; Metazoa - 236; Fungi - 25; Plants - 166; Viruses - 14; Other Eukaryotes - 875 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1543710..1545319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 31915.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 283 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNEDQESLL LQGVPDNYGG VKVNLTEPMT IEDFVPKLRA SLVYWSNQGT KGIWLKLADG LDNLIAPAKA EGFVCHHAER EYTMLTSWIA DVPSTLPANA 101: SHRIGVGAFV LNKKTKEVLV VQEIDGHFKG TGVWKLPTGV VKEGENIWEG ALREVEEETG IKTKFVEVLA FRESHQAFLE IKTDIFFLCE LEPTTFEIKK 201: QDSEILAAKW MPIEEYVNQP WNQKKELFRF MANICLKRLQ EMEYMGFSKV LTTTSSGKES YLYCNTDHAN LLNATRGLAS TSG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)