AT2G04230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.995 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : FBD, F-box and Leucine Rich Repeat domains containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
FBD, F-box and Leucine Rich Repeat domains containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), FBD-like (InterPro:IPR006566), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: FBD, F-box and Leucine Rich Repeat domains containing protein (TAIR:AT3G49030.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:1447025..1448678 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51311.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 448 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEQKFKTDSM NEDRISDLPD ALLLQILSSL PTENAIATSV LSKRWRSLWT MLPKLKFDSN FNPVFDDDNI DPTMFSENVY KTLSLHKAPV LESLHLSFEG 101: RTDCLHVGIW IATAFARGVR KLVLDSFYQE DQTVTLPSVL FSYNDSLEIL KLKCAIDLDF PSRVCLKSLR KLYLDQVHFK DEESVCNLLC GCPSLQDLVV 201: HRYSNADVAT FTIASPSLQR LTIEDLRQEG GYGNGSYVIN APGLKYLNIN GVIDIESCLI DKALELEEAK ISNVSGITNE NILESLTSAK RLILHLSPLE 301: VKVPTGKIFD QLGCLELLTH EREWWNLLSI MLDSSPKLQI LKLTDVYLHD NKTNPDERKW NPPKCAPECL LFHLETFLWI GYEWQRGDEK EVATYILENA 401: RRLKKATFST KRIGREKLED FEKRREMLNE LAIVLWDSNS CHLVFEST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)