AT1G79880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA recognition motif (RRM)-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA recognition motif (RRM)-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: ribonucleoprotein complex, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA-binding protein Lupus La (InterPro:IPR006630), Lupus La protein (InterPro:IPR002344), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), RNA-binding motif (InterPro:IPR014886); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: La protein 1 (TAIR:AT4G32720.2); Has 814 Blast hits to 814 proteins in 193 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 413; Fungi - 147; Plants - 181; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 71 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:30046222..30048336 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44928.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 399 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSFNEETA KKLLTQVEFY FSDSNLPTDG FLNREVTKSK DGLVSLPLVC SFSRMRNLLG LGNINREDIP PRIVEEVANL LRTSDFLKVS NNGQRIGRGT 101: KLSKPEEVLE QVHRRTLAAS PFEYSIKMED VSSFFSQYAK VNSVRLPPNI ADKRRFCGTA LVEFSSEQDT QDILRQSLVY AGADLVLIPK SDFDCQRENM 201: IKQLGKSESH NEFRRGQIVK FALKWIASEE KVTNKEKPSA LKNKIKEKED KETGIADREK ENGDNSCASL CKDNTDQLVV PPWNNSNSVS SEVLKDLFQR 301: FGSVEHIEYS GGLDSGYVWF TDSETAMKAR AAVEFVGGLV VKNNFSVALE AINGEMEREL WKRLSSAELE GGKEGHKKEK GKDECFENVQ PTKKARKEP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)