AT1G79700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Integrase-type DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Integrase-type DNA-binding superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-binding, integrase-type (InterPro:IPR016177), Pathogenesis-related transcriptional factor/ERF, DNA-binding (InterPro:IPR001471); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARIA-interacting double AP2 domain protein (TAIR:AT1G16060.1); Has 4359 Blast hits to 3628 proteins in 197 species: Archae - 0; Bacteria - 7; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 4304; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29990440..29993658 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34239.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 303 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKVSGRSKK TIVDDEISDK TASASESASI ALTSKRKRKS PPRNAPLQRS SPYRGVTRHR WTGRYEAHLW DKNSWNDTQT KKGRQVYLGA YDEEEAAARA 101: YDLAALKYWG RDTLLNFPLP SYDEDVKEME GQSKEEYIGS LRRKSSGFSR GVSKYRGVAR HHHNGRWEAR IGRVFATQEE AAIAYDIAAI EYRGLNAVTN 201: FDVSRYLNPN AAADKADSDS KPIRSPSREP ESSDDNKSPK SEEVIEPSTS PEVIPTRRSF PDDIQTYFGC QDSGKLATEE DVIFDCFNSY INPGFYNEFD 301: YGP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)