AT1G78430.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ROP interactive partner 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ROP interactive partner 2 (RIP2); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: interactor of constitutive active rops 1 (TAIR:AT1G17140.2); Has 44057 Blast hits to 24944 proteins in 2009 species: Archae - 603; Bacteria - 6095; Metazoa - 22225; Fungi - 3626; Plants - 1909; Viruses - 198; Other Eukaryotes - 9401 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29509605..29510679 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36058.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -1.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 324 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPKPSIRGSE LPQRQSPRLR TSLLSTSSDP HHLSRPITDR SPKLGLDRRS PRSGGPHTDP LSQKKLGSRI SGLESQLGQA QEELRLLKQQ LAKAEAAKKR 101: AQEELHRKKS KKPNTPAPER DDIPGDGHQE TDVFEVLDEK AKESEKTKND ELASKEDQIN VLKARLYDLE KERVSLSEEN ETLKDQLKKT DTEMSCAKAK 201: EDEIASKVSQ IGEELEESNE TTAKLKKKLE SVEEAKETLE AEMKKLKVQT EQWRKAADAA AAVLSGGVEM NGRFSEQCGS MEKHFAGRFV GSPGMADDSD 301: DGSGKRKSSG KKMFGDLWKK KGQK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)