AT1G74060.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein L6 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein L6 family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome, cytosolic large ribosomal subunit, nucleolus, intracellular; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L6, N-terminal (InterPro:IPR005568), Ribosomal protein L6E (InterPro:IPR000915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein L6 family protein (TAIR:AT1G74050.1); Has 744 Blast hits to 744 proteins in 281 species: Archae - 16; Bacteria - 0; Metazoa - 333; Fungi - 149; Plants - 117; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 129 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27850033..27851299 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 26010.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 233 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPAKQRTAKV NRNPDLIRGV GKYSRSQMYH KRGLWAIKAK NGGVFPRHDA KSKVDAPVEK PPKFYPAEDV KKPLPNRRTA KPAKLRASIT PGTVLIILAG 101: RFKGKRVVFL KQLASGLLLV TGPFKINGVP LRRVNQAYVI GTSTKVDISG VTLDKFDDKY FGKVAEKKKK KTEGEFFEAE KEEKKEIPQG KKDDQKAVDA 201: ALIKAIEAVP ELKTYLGARF SLKQGMKPHE LVF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)