AT1G73220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.605 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : organic cation/carnitine transporter1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
organic cation/carnitine transporter1 (1-Oct); FUNCTIONS IN: carnitine transporter activity, carbohydrate transmembrane transporter activity, transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: plasma membrane, membrane; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: organic cation/carnitine transporter 2 (TAIR:AT1G79360.1); Has 16805 Blast hits to 16754 proteins in 1584 species: Archae - 351; Bacteria - 7847; Metazoa - 4511; Fungi - 2312; Plants - 1172; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 612 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27538387..27540109 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59663.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 539 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPSKQEVPK LMETPPNISN DSSATEKGEA TRQQQLPNNR YALTVDEVIE QHIGALGFAQ ILHALLVSIA WIFDAQTTLI SIFSDAQPAA RLLATGAIVE 101: GASLCGLASG EWEWIGPKSD TVVSEWNLIC QHKFLVAVPS TLFFIGSLFG SGVYGYLADS WFGRKKTLLL SCVLTFVTAF AISFSPNVWV YAFLRFANGF 201: FRSGIGSCCI VLATEIVGKK WRGQVGQYGF FFFTLGFLSL PLMAYLERKS WRNLYRIISF LPLGYAVCLL PFAYESPRWL LVKGRNKEAM VVLKKLARLN 301: GKQLPADLSL VDPIPERDDQ TSSSEKFWKT KWAVKRIIMV MMAGFGSGFV YYGIQLNAEN LNFNLYLTVA VNALMEFPAV FIGSFLLGVM NRRPLFSNSS 401: YLAGFACLLC AVLSIHRVIR AISVAKWLQL AVEAVGFMAS STAYDVLYVY CVELFPTNVR NTAVSLLRQA FMLGASAAPL LVALGRESAM MSFIVFGVAS 501: VLSGIVSLWL RETRNAPLYE TLAQQGKAEE IENETIMIT |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)