AT1G55740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.899 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : seed imbibition 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
seed imbibition 1 (SIP1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Raffinose synthase (InterPro:IPR008811); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: seed imbibition 2 (TAIR:AT3G57520.1); Has 563 Blast hits to 527 proteins in 159 species: Archae - 29; Bacteria - 119; Metazoa - 0; Fungi - 82; Plants - 322; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 11 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20835507..20838707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83481.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 754 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTVGAGISVT DSDLVVLGHR VLHGVPENVL VTPASGNALI DGAFIGVTSD QTGSHRVFSL GKLEDLRFMC VFRFKLWWMT QRMGTNGKEI PCETQFLIVE 101: ANQGSDLGGR DQSSSYVVFL PILEGDFRAV LQGNEANELE ICLESGDPTV DQFEGSHLVF VAAGSDPFDV ITKAVKAVEQ HLQTFSHRER KKMPDMLNWF 201: GWCTWDAFYT NVTAKDVKQG LESLKAGGVT PKFVIIDDGW QSVGMDETSV EFNADNAANF ANRLTHIKEN HKFQKDGKEG HRVDDPSLSL GHVITDIKSN 301: NSLKYVYVWH AITGYWGGVK PGVSGMEHYE SKVAYPVSSP GVMSSENCGC LESITKNGLG LVNPEKVFSF YNDLHSYLAS VGVDGVKVDV QNILETLGAG 401: HGGRVKLAKK YHQALEASIS RNFPDNGIIS CMSHNTDGLY SAKKTAVIRA SDDFWPRDPA SHTIHIASVA YNTLFLGEFM QPDWDMFHSL HPMAEYHAAA 501: RAVGGCAIYV SDKPGQHDFN LLRKLVLRDG SILRAKLPGR PTSDCFFSDP VRDNKSLLKI WNLNEFTGVI GVFNCQGAGW CKNEKRYLIH DQEPGTISGC 601: VRTNDVHYLH KVAAFEWTGD SIVYSHLRGE LVYLPKDTSL PVTLMPREYE VFTVVPVKEF SDGSKFAPVG LMEMFNSGGA IVSLRYDDEG TKFVVRMKLR 701: GSGLVGVYSS VRRPRSVTVD SDDVEYRYEP ESGLVTFTLG VPEKELYLWD VVIQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)