AT1G71697.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.744 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : choline kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes choline kinase. mRNA levels are increased in response to wounding. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
choline kinase 1 (CK1); FUNCTIONS IN: choline kinase activity; INVOLVED IN: response to salt stress, response to wounding; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Choline kinase, N-terminal (InterPro:IPR007521), Choline/ethanolamine kinase (InterPro:IPR002573), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein kinase superfamily protein (TAIR:AT4G09760.1); Has 1492 Blast hits to 1438 proteins in 366 species: Archae - 0; Bacteria - 350; Metazoa - 439; Fungi - 247; Plants - 163; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 293 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26971537..26973177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40018.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 346 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIKTKTSLI PSCSSPEDLK RVLQTLGSSW GDVVEDLERL EVVPLKGAMT NEVYQINWPT LNGEDVHRKV LVRIYGDGVD LFFNRGDEIK TFECMSHHGY 101: GPKLLGRFSD GRLEEFIHAR TLSADDLRVA ETSDFIAAKL REFHKLDMPG PKNVLLWERL RTWLKEAKNL ASPIEMDKYR LEGLENEINL LEERLTRDDQ 201: EIGFCHNDLQ YGNVMIDEVT NAITIIDYEY SSFNPIAYDI ANHFCEMAAN YHSDTPHVLD YTLYPGEGER RRFISTYLGS TGNATSDKEV ERLLKDAESY 301: TLANHIFWGL WGIISGHVNK IEFDYMEYAR QRFEQYWLRK PLLLEG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)