AT1G02400.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gibberellin 2-oxidase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a gibberellin 2-oxidase that acts on C19 gibberellins but not C20 gibberellins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gibberellin 2-oxidase 6 (GA2OX6); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 2-oxidase 4 (TAIR:AT1G47990.1); Has 8143 Blast hits to 8109 proteins in 973 species: Archae - 0; Bacteria - 1087; Metazoa - 68; Fungi - 840; Plants - 4773; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1375 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:486964..489391 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36839.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 329 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLPSSTPLQ TTGKKTISSP EYNFPVIDFS LNDRSKLSEK IVKACEVNGF FKVINHGVKP EIIKRFEHEG EEFFNKPESD KLRAGPASPF GYGCKNIGFN 101: GDLGELEYLL LHANPTAVAD KSETISHDDP FKFSSATNDY IRTVRDLACE IIDLTIENLW GQKSSEVSEL IRDVRSDSIL RLNHYPPAPY ALSGVGQIGF 201: GEHSDPQILT VLRSNDVDGL EICSRDGLWI PIPSDPTCFF VLVGDCLQAL TNGRFTSVRH RVLANTAKKP RMSAMYFAAP PLEAKISPLP KMVSPENPRR 301: YNSFTWGDYK KATYSLRLDV PRLEFFKTL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)